O Conselho Diretor é o órgão deliberativo e de recurso máximo da Faculdade em matéria acadêmica, administrativa e financeira. Suas deliberações são publicadas como Resoluções no Boletim de Serviços da Universidade. As reuniões são abertas ao público, porém somente os membros do conselho possuem o direito ao voto.
Membros Natos
Direção
Maria Aparecida Mendes de Oliveira
Vice-direção
Andréia Sangalli
Coordenação do Curso de Licenciatura Intercultural Indígena
Rhuan Guilherme Tardo Ribeiro
Coordenação do Curso de Licenciatura em Educação do Campo
Adenomar Neves de Carvalho
Coordenação do Curso de Pós-graduação em Educação e Territorialidade
Andérbio Márcio Silva Martins
Coordenação do Curso de Licenciatura em Pedagogia Intercultural Indígena
Micheli Alves Machado
Coordenação do Curso de Licenciatura em Educação Escolar Quilombola
Edir Neves Barbosa
Comissão de Pesquisa
Lauriene Seraguza Olegário e Souza
Comissão de Extensão
Elâine da Silva Ladeia
Representação docente
Cássio Knapp (titular) – Adenomar Neves de Carvalho (suplente)
Carlos Alberto Baca Maldonado (titular) – André Luís Freitas da Silva (suplente)
Judite Stronzake (titular) – Edir Neves Barboza (suplente)