A Auditoria Interna da Universidade Federal da Grande Dourados é um órgão administrativo ligado ao Conselho Universitário - COUNI e visa avaliar de forma independente as operações contábeis, financeiras e administrativas executadas pelos diversos órgãos da universidade, mediante a confrontação entre uma situação encontrada com um determinado critério técnico, operacional ou legal, bem como prestar apoio aos órgãos do Sistema de Controle Interno e Externo do Governo Federal.
Missão: fortalecer a gestão dos recursos financeiros, patrimoniais e humanos, com vistas a assegurar que os objetivos da universidade sejam alcançados de forma regular, evitando erros, fraudes e desperdícios.
Visão: ser reconhecida como órgão de referência na atuação em prol do fortalecimento da gestão pública.