A Fazenda Experimental de Ciências Agrárias abrange os campos experimentais localizados na Unidade II, denominada Fazendinha, e na Unidade III, denominada Fazenda Jatehycaa Parte, que somadas compreendem uma área de aproximadamente 324 ha.
Nessas áreas estão implantadas diversas pesquisas nas mais diversas áreas das ciências agrárias dentro da fitotecnia e zootecnia. Pode-se citar trabalhos com as grandes culturas como soja, milho, feijão e produção de ovinos e bovinos. Além disso, os pesquisadores também desenvolvem trabalhos com plantas oleaginosas com potencial para produção de biocombustíveis, rotação e sucessão de cultura, introdução de novas espécies vegetais com promissora adaptação ao clima da região, mecanização agrícola, adubação e fertilidade do solo, irrigação e fruticultura.
Na Fazendinha (Unidade II) destacam-se o Horto de Plantas Medicinais e hortaliças, com plantas nativas e exóticas de vários lugares do mundo, e os laboratórios didático-científicos e de Produção e Pós-colheita de Plantas Ornamentais, Plantas Medicinais, Plantas Olerícolas e Frutíferas.